A Mafihe tagja az országos szervezeteket tömörítő IAPS-nak (Fizikus Hallgatók Nemzetközi Egyesülete). A Mafihe helyi bizottságokra tagozódik. Minden helyi bizottságnak önálló működési szabályzata, elnöksége van. A Mafihe legfőbb döntéshozó szerve a Közgyűlés. A közgyűlés módosíthatja az alapszabályt, és dönt az elnökség, illetve az Ellenőrző Bizottság (EB) személyi kérdéseiben. Az EB ügyel arra, hogy az elnökség és a HB-k tevékenysége ne sértse az alapszabályt.